개별수입자동차의 소음 및 배출가스 인증시험 수수료를 놓고 이륜차 수입업계와 한국환경공단이 갈등을 빚고 있다.
논란의 핵심은 올해부터 바뀐 개별수입자동차의 소음 및 배출가스 인증시험 수수료 정책이다. 기존 개별수입 이륜차의 소음 및 배출가스 인증시험 수수료는 소음은 18만1500원, 배출가스는 최고속도 시속 45km미만 64만2400원, 45km이상 76만3400원이었다. 그러나 올해부터는 수수료가 대폭 인상됐다. 소음은 44만880원, 배출가스는 236만4120원으로 변경됐다. 
한국환경공단은 수수료가 인상된 주요한 원인으로 소음 및 배출가스 인증시험 방법이 변경됨에 따라 시험시간이 크게 늘어났기 때문이라고 설명했다. 이륜차 배출가스 허용 기준이 유로 3에서 유로 4로 강화됨에 따라 배출가스 인증시험 방법도 기초도시주행모드(CVS-40) 및 추가도시주행모드(EUDC) 등에서 WMTC로 변경됐다. 소음 인증시험도 마찬가지로 ISO362에서 ECE R41, R51 등으로 변경됐다. 또한 수년간 인증시험 수수료를 인상 없이 운영해 인증시험 원가보다 수수료가 낮아 적자 부담이 커진 것도 한 원인이다.
그러나 이륜차 업계 일각에서는 테스트 과정이 공개되지 않아 불투명하고 수수료 책정도 불합리하다며 문제를 제기했다. 특히 배출가스 인증시험 수수료에 불만이 높았다.
한 이륜차 업체 관계자는 “이륜차 판매 마진과 비교해 인증 비용이 너무 비싸다. 소음과 배출가스 인증 수수료만 300만원 가까이 된다. 한 번에 합격하면 다행이지만 그렇지 않을 경우 수수료 부담이 눈덩이처럼 불어난다”며 어려움을 호소했다. 이어 “배출가스 인증의 경우 1차에 합격하면 수수료 일부를 환불해주는데 1차에 불합격하면 2차, 3차 테스트로 이어진다. 1차에 떨어졌을 때 2차 테스트 진행 여부에 대한 선택권 조차 없는데 이는 불합리하다”라며 개선을 요구했다.
또 다른 이륜차 업체 관계자는 “수수료는 많이 올라갔지만 서비스는 변함이 없다. 테스트 과정을 공개하고 있지 않아 시험이 어떻게 진행되는지 깜깜이라 답답하다. 데이터만 줄 것이 아니라 테스트가 어떻게 수행됐는지 과정이라도 볼 수 있다면 덜 답답할 것 같다”고 말했다.
이륜차 업계의 불만에 대해 한국환경공단은 억울하다는 입장이다. 이륜차 업계의 어려운 현실을 고려해 한 차례 유예 기간을 부여했으며. WMTC 모드 등 인증 수수료를 신규 책정하는 과정에서도 수수료 인상요인을 모두 반영하지 않고 인상폭을 최소화 했다는 해명이다.
한국환경공단 관계자는 “공공기관이라고 하더라도 최소한의 운영비는 나와야 인증 시험을 지속할 수 있다. 공단의 수수료는 다른 인증기관과 비교하면 절반 수준에 불과하고 지금도 적자를 보고 있는 상태다”라고 말했다. 
또한 배출가스 인증시험 수수료에 부담을 느끼는 이륜차 업체의 어려움을 고려해 1차에 합격할 경우 수수료 일부를 반환하고 있다고 설명했다. 인증시험 과정 공개에 대해서는 국내외 다른 인증시험 기관에서도 공개를 하지 않는 것으로 알고있다며 사례가 있다면 검토할 수 있다고 밝혔다.
한편, 배출가스 인증시험은 기본적으로 3차례 진행된다. 다만 측정값이 모두 70% 이하인 경우 1회에 종료된다. 이외의 경우에는 시험 결과 값에 따라 2회 또는 3회차까지 진행된다.