2차 세계대전 이후 열강에 의해서 남북으로 나뉘게 된 대한민국은 분할통치라는 미명하에 정치체제가 희석되어 현재의 상태에 이르게 된다. 북한은 중국과 러시아의 1당 체제인 공산주의의 변형인 왕정 체제와 한국은 전라도와 경상도의 세력들이 번갈아 집권을 하는 민주주의 형태로 70여년의 시간이 흘러 버렸다. 

북한이 핵무기를 개발하여 열강에 위협적인 존재로 부상하자 미국 및 유럽연합은 북한에 핵무기를 포기할 것을 압박하고 이에 응하지 않자 경제 제재를 가하게 된다. 고립된 북한은 각종 수출입 무역이 단절되자 변칙적인 방법을 구사하게 된다.
첫 번째가 기축통화국 미국의 화폐인 달러의 제조이다. 공조 1에서는 체제에 회의감을 느낀 북한군 간부 차기성(김주혁)이 부대원들을 이끌고 달러 제조 동판을 가지고 남한으로 밀입국하여 거래를 하려는 소재를 다룬다. 북한의 어느 야산의 공장에서 차기성과 대원들을 방어하고자 한 임철령(현빈)은 차기성에게 아내마저 잃고 원한 및 밀명을 실현하고자 남북회담이 열리는 서울로 파견되게 된다. 남한 형사 강진태(유해진)과 서먹한 공조를 맺게 된 임철령은 단서가 되는 박명호(이동휘)를 추격하게 되고 명동 및 대림동 일대에서 추격신 및 화려한 액션신을 선보이게 된다. 코믹부분을 담당한 강진태의 처제 박민영(윤아)이 열연을 펼치면서 재미를 배가시킨다. 경치가 수려한 리조트에서 삼합회에 연류된 한국내 조직 보스와 거래를 하려던 차기성은 자본주의의 달콤한 콜라를 한잔 들이키고는 한국 보스와 조직원들을 제거하고 유유히 빠져나가게 된다. 강진태와 임철령은 차기성을 잡기위해 스릴넘치는 도로 총격신을 연출하며 결국 차기성을 제거하고 동판은 강물에 던져버리게 된다. 그리고 임철령은 북으로 돌아간다. 
두 번째가 역사상 가장 많은 사람들을 병들게 하고 돈을 가장 빨리 벌수 있는 향정신성 의약품인 마약의 제조이다. 공조2 인터내셔날은 미국을 배경으로 시작된다. 마약을 유통하여 번 10억불의 계좌 비밀번호를 쥐고 있는 장명준(진선균)은 미국에 의해 체포되게 되고 국제법상 북한 임철령(현빈)의 신문을 받고 북한으로 송환하려는 도중 탈출한 장명준은 서울로 밀입국하게 된다. 공조1과 같은 소재로 남북고위급 회담에 임철령을 파견하게 되고 강진태(유해진)와 한결 세련된 관계로 장명준과의 거리를 좁히게 된다. 미국에서도 잭(다니엘 헤니)을 파견하게 되고 미국, 북한, 한국의 트리플 공조가 시작된다. 이태원 클럽에서 신종 빨간 마약을 유통하게 되고 드론 및 GPS 추적 등 최신 과학 수사기법으로 장명준 일당을 검거하게 된다. 하지만 장명준은 고의로 잡힌 것으로 백두혈통의 북한내 서열 5위인 김정택(전배수)을 기망하고 10억불을 차지하려는 의도가 드러난다. 각자의 이익 및 사명을 숨긴채 협조 아닌 협조를 해야하는 처지에서 벌어지는 일들을 우리는 해학적으로 바라보게 된다. 공조1에서와 마찬가지로 윤아가 코믹 부분을 전담하게 되었으며 임철령(현빈)에서 잭(다니엘 헤니)로 사랑의 전선이 넘어간 시점에서 웃음을 자아내게 된다. 
열강의 이권 개입이나 정권이 바뀔 때 마다의 기조에 따라 남북한의 정세가 판이하게 달라지는 형국이 아니라 정확하게 통일이 이루어지는 시점을 위해 우리는 정성을 다해야 할 것이다. 남북관계가 지금까지의 방법으로 나아지지 않았다면 새로운 변칙적인 방법을 구사하는 것도 길게 보면 정답일 수 있지 않을까 싶다.